Yayasan Tananua Flores berakar dari sejarah panjang gerakan pemberdayaan masyarakat yang dimulai pada tahun 1989 di Waingapu, Sumba Timur. Pada masa itu, Yayasan Tananua berkembang dengan tiga cabang: Tananua Sumba di Waingapu, Tananua Flores di Ende, dan Tananua Timor di Kupang. Memasuki tahun 2007, Tananua cabang Flores resmi berdiri sebagai lembaga yang mandiri dan memiliki otonomi penuh.
Sejak awal, Tananua memegang komitmen kuat untuk membangun penghidupan masyarakat yang berkelanjutan—secara ekologis, ekonomi, sosial budaya, dan teknologi. Upaya ini diwujudkan melalui pendampingan yang intensif, penguatan kapasitas, serta peran fasilitasi bagi masyarakat petani dan pelaku ekonomi lokal di pedesaan.
Pemberdayaan menjadi ruh dari setiap langkah Tananua. Fokus utamanya adalah menumbuhkan kembali rasa percaya diri masyarakat melalui semangat gotong royong, membuka akses informasi yang relevan, menumbuhkan kesadaran atas potensi yang sudah dimiliki, serta memfasilitasi peningkatan pengetahuan dan keterampilan di bidang pertanian, perikanan, dan usaha-usaha produktif yang ramah lingkungan serta berkontribusi bagi kesehatan masyarakat.
Dalam bekerja, Tananua mengusung pendekatan People Led Development—suatu cara pandang yang menempatkan masyarakat sebagai pemimpin proses pembangunan, sementara Tananua hadir sebagai pendamping dan fasilitator. Pendekatan ini diperkuat dengan metode Participatory Rural Appraisal (PRA), yang membantu masyarakat menemukan, memahami, menganalisis, dan memecahkan sendiri persoalan di wilayahnya. Kedua pendekatan ini menegaskan penghargaan Tananua terhadap pengetahuan lokal yang dimiliki petani, sambil memperkuat kapasitas mereka agar mampu memimpin pembangunan desa secara mandiri.
Perubahan nyata di masyarakat semakin terlihat dari tahun ke tahun. Kelompok-kelompok tani mulai mengembangkan keberagaman pangan, sistem simpan-pinjam pangan, serta berbagai usaha produktif seperti pembuatan minyak gosok tradisional, kerajinan anyaman dan tenun, pengelolaan pekarangan dengan tanaman sayur dan tanaman obat, hingga produksi pupuk organik. Selain itu, kegiatan arisan dan simpan pinjam yang dikelola bersama menjadi fondasi ekonomi kelompok yang terus berjalan konsisten.